目覚めた初代魔王ゼロと2Vは阿九斗を倒し、帝国中枢の掌握に成功する。魔法と教会の力を解体し、人造人間中心の世界を築き上げた2Vの真の目的とは何か? 一方、一命をとりとめた阿九斗は不二子の導きにより、けーな、淑恵と共に黒魔術師の村に逃げこむ。そして自らの出生の秘密を知る人物と出会った阿九斗が下した決断とは?